La novela cuenta la historia de un autodidacta y asilvestrado niño, criado por una gacela que vivió solo en una isla desierta en el Océano Índico. Después de que su gacela madre muere, él la disecciona y le realiza una autopsia para encontrar qué le ocurrió. Descubre que su muerte fue debida a la pérdida del calor innato. Este hecho le pone en el camino de la Ciencia Islámica y del autodescubrimiento. Sin contacto con otros seres humanos, Hayy descubre la última verdad a través de un proceso sistemático razonado. Hayy llega a contactar con la civilización y la religión cuando él se encuentra con Absal. Él determina que ciertos símbolos de la religión y la civilización, imaginería y dependencia de cosas materiales, son necesarias para que la multitud tenga una vida decente. No obstante, cree que son distracciones de la verdad y deberían ser abandonadas.
